De la secvențierea Sanger, la secvențierea de generația a treia (PacBio și Nanopore)

De ziua lui Frederick Sanger, să recapitulăm câteva lucruri despre evoluția metodelor de secvențiere. Secvențierea ADN a devenit o tehnică de biologie moleculară aplicată la scară largă încă din anii ’80, odată cu invenția secvențierii Sanger în 1977, invenție care i-a adus lui Frederik Sanger premiul Nobel în anul 1980. Secvențierea Sanger se mai folosește […]

Secvențierea ARN single-cell (II). Aspecte practice

* În prezent există numeroase metode experimentale și de calcul pentru Secvențierea ARN single-cell * Cea mai mare provocare experimentală o reprezintă izolarea celulelor reprezentative dintr-un organ sau țesut, fără a afecta expresia genică. * Cea mai mare provocare în partea de calcul o reprezintă normalizarea datelor. Un aspect important al izolării ARN-ului din celule […]

Secvențierea ARN single-cell

Transcriptomul este suma tututor secvențelor de ARN mesager exprimate într-un organism. La un moment dat, celulele dintr-un țesut exprimă gene diferite, sau, dacă exprimă aceleași gene, acestea sunt exprimate în cantități diferite. Transcriptomica în masă (in bulk) presupune măsurarea cantității de ARN mesager dintr-un țesut întreg, compus din mii de celule, și raportarea mediei exprimării […]

Afaceri profitabile bazate pe date bioinformatice gratuite, din domeniul public

Multe dintre datele generate de industria de biotehnologie sunt stocate în baze de date publice și de multe ori acestea pot fi folosite în regim freeware și open source. Încă în faza incipientă, câteva companii au început deja să exploateze aceste date și să genereze profit. Companiile care exploatează aceste date se împart, în mare, […]

RSBI – Comunitatea Română de Bioinformatică

Vara trecută, Monica, Bogdan și Mihai din Cambridge s-au hotărât să întemeieze o comunitate de bioinformatică în România (RSBI), cu scopul dezvoltării cunoștiințelor de bioinformatică în România, pentru a susține dezvoltarea cercetării în biotehnologie și pentru a susține medicina personalizată. În acest sens, am contactat pe d-nul Prof. Horia Banciu de la Universitatea Babeș-Bolyai din […]

Un minION pe urmele Ebola

    minION este probabil cel mai mic dispozitiv de secvențiere ADN, cam de dimensiunea unui iPhone. Cel mai mai nou kit poate citi aproximativ 75 baze azotate pe secundă (bp/s). minIONul este dezvoltat de compania Oxford Nanopore, și folosește, bineînțeles, tehnologia nanopore. ADN-ul este mărunțit în fragmente nu mai mari de 50.000 de perechi […]

Bioinformatică sau biologie teoretică

Bioinformatica, biologia teoretică … ce au ele în comun și ce le diferențiază? Ceea ce unește aceste domenii este faptul că amâdouă sunt aplicații ale informaticii în biologie. Îmi amintesc cât de plictisitoare erau lecțiile de biologie în liceu. Practic doar pagini cu descrieri, liste și scheme care trebuiau învățate pe de rost. Un informatician […]

Lil Bub, cea mai adorabilă pisicuță din lume

Lil Bub face multe inimi să se topească. Ea este o pisicuță-vedetă din Statele Unite. A apărut într-un film, a scris o carte și are multe, multe filmulețe pe youtube… Are și un show tv pe Animal Planet. Lil Bub e deosebită de toate celelalte pisici pe care le-ați văzut vreodată. E micuță, deși are […]

Text mining pentru tratarea cancerului

Colegul meu Chengkun Wu tocmai a câștigat premiul pentru cel mai bun articol la Conferința internațională de bioinformatică din Sydney, Australia (13th International Conference on Bioinformatics). L-am rugat pe Chengkun să explice în 100 de cuvinte rezultatele prezentate în Australia și el mi-a trimis următorul text. E interesant: Cancerul tiroidian este cel mai des întâlnit tip […]

puțin despre bioinformatică

Bioinformatica este știința interdisciplinară care interpretează informația genetică, adică lungul șir de nucleotide care stau la baza lumii vii : A, C, T, G…, dar și secvențele de aminoacizi care compun proteinele. Exemplu de secvență ADN   Secvențierea genomurilor a dus la generarea unui volum incredibil de mare de date care nu pot fi interpretate […]