Un minION pe urmele Ebola

Un minION pe urmele Ebola
Acordă o notă

Minion_blog

 

 

minION este probabil cel mai mic dispozitiv de secvențiere ADN, cam de dimensiunea unui iPhone. Cel mai mai nou kit poate citi aproximativ 75 baze azotate pe secundă (bp/s). minIONul este dezvoltat de compania Oxford Nanopore, și folosește, bineînțeles, tehnologia nanopore. ADN-ul este mărunțit în fragmente nu mai mari de 50.000 de perechi de baze azotate, care sunt apoi trecute printr-un por atașat unei membrane. Fiecare bază azotată are formă diferită și astfel crează un semnal diferit în nanopor. Avantajul tehnologiei nanopore este că secvențiatorul poate citi fragmente lungi de ADN (până la lungimea de 50.000 bp, față de mașinile Illumina, care citesc fragmente de maxim 250 de bp), care pot fi folosite ușor în asamblarea de novo.

MinION close up
Imagine: Oxford Nanopore Technologies

minION pe urmele virusului Ebola

Epidemia de Ebola din vestul Africii a făcut mai mult de 11.000 de victime. Studentul Josh Quick de la Universitatea Birmingham a fost trimis în Guinea pentru a stabili o hartă a transmisiei virusului pe baza secvențelor ADN ale acestuia. Josh Quick a plecat în Africa cu un laborator portabil (cam de mărimea a două valize), constând din trei dispozitive de secvențiere minION, laptopuri, un dispozitiv Qubit pentru măsurarea cantității de ADN și alte câteva echipamente adiționale.
În timpul celor 2 săptămâni petrecute in spitalul Donka din Conakry, Josh a secvențiat 14 genomuri ale virusului Ebola, în mai puțin de 48 de la colectarea mostrelor de sânge de la pacienți. Niciodată până acum epidemiologii nu au putut avea acces atât de rapid la un virus, în timpul unei epidemii.

Munca lui Josh a fost continuată de cercetători locali. În prezent există mai mult de 1000 de genomuri secvențiate ale virusului Ebola.

Pe websitul ebola.nextflu.org puteți explora evoluția virusului Ebola de la începutul epidemiei actuale.
Secvențierea a arătat că există a mare transmisie a virusului pe granița dintre Guinea și Sierra Leone.

http://lab.loman.net/2015/06/05/real-time-genomic-surveillance-of-ebola-outbreak-2014-2015/

http://www.nature.com/news/pint-sized-dna-sequencer-impresses-first-users-1.17483

Imagini

Alte articole din aceeași categorie

Ți-a plăcut articolul? Urmărește-ne pe Twitter @Streptococcul

One Comment
  1. Pingback: Un minION pe urmele Ebola | ..::BLOGURI.NET::..De la bloggeri adunate…

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată. Câmpurile necesare sunt marcate *

Poți folosi aceste taguri și atribute HTML: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <strike> <strong>