Cine se ascunde în sol

sol
Cine se ascunde în sol
1 cititori au dat 3

Solul este probabil cel mai divers habitat de pe Pământ. Un gram de sol poate conține între unul și zece miliarde de microorganisme, care reprezintă între 2000 și 18000 de specii.

Cercetătorii care studiază ecologia microorganismelor din sol sunt interesați să înțeleagă nu doar identitatea microorganismelor, dar și relațiile dintre acestea.

În acest context merită să introducem conceptele de metagenom și metagenomică.
Metagenomica este știința care studiază mostrele de material genetic recoltate direct din mediul înconjurător.
În mod tradițional microorganismele erau întâi cultivate în laborator și numai după aceea secvențiate pentru studiul materialului genetic. O metodă ulterioară presupunea clonarea materialului genetic (în general gena RNAului ribozomic 16s) înainte de secvențiere. Această a doua metodă a scos la iveală faptul că 99% dintre organismele care trăiesc în sol nu pot fi cultivate în laborator!
Ultimele tehnologii de secvențiere – secvențierea 454 și „secvențierea de nouă generație” (neinspirat denumită next generation sequencing în limba engleză – ce se va întâmpla când va apărea o și mai nouă tehnologie de secvențiere?!) permit analiza materialului genetic dintr-o mostră fără a fi nevoie de cultivarea microorganismelor sau a clonării ADNului. Datorită acestor noi tehnologii metagenomica a avansat foarte mult în ultimii câțiva ani.
Un metagenom este totalitatea materialului genetic recoltat și secvențiat dintr-un habitat cu ajutorul noilor tehnologii de secvențiere. Foarte multe metagenomuri se află în baze de date cu acces gratuit și așteaptă cercetători și oameni curioși pentru a le analiza!

Un studiu efectuat în Danemarca a analizat 33 de metagenomuri publicate în baze de date cu acces gratuit. Mostrele proveneau din 5 medii diferite: 7 din păduri, nouă din deșert, 14 din pajiști, două din solul Arctic și una din mangrove. Imaginea de mai jos prezintă distribuția tipurilor de bacterii în diferite habitaturi. Studiul prezintă și o analiză a căilor metabolice prezente în microorganismele din cele 33 de habitaturi și felul în care acestea ar putea relaționa cu factorii abiotici din aceste ecosisteme.

compozitia solului

Pentru mai multe detalii, vedeți articolul publicat în PLoS
Xu, Zhuofei, et al. „Bioinformatic Approaches Reveal Metagenomic Characterization of Soil Microbial Community.” PloS one 9.4 (2014): e93445.

Pagina Wikipedia despre metagenomică
Imagine http://www.co.nrcs.usda.gov

Alte articole din aceeași categorie

Ți-a plăcut articolul? Urmărește-ne pe Twitter @Streptococcul

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată. Câmpurile necesare sunt marcate *

Poți folosi aceste taguri și atribute HTML: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <strike> <strong>